«Не скажешь подлинной (правды), скажешь подноготную», – говорили палачи обвиняемому, если считали, что он продолжает отпираться.  И тогда наступал черед следующей, еще более ужасной пытки. Несчастному загоняли под ногти пальцев рук и ног железные гвозди. «Правда, выведанная при этом истязании, называлась «подноготной».

Отсюда «узнать всю подноготную» значит: проникнуть в тайну, выведать всю правду.

Заметьте, что слово «подноготная», выполнявшее прежде роль прилагаемого к существительному «правда», теперь отказалось от него и само стало существительным. Такие взлеты не редкость в нашем языке. Если раньше говорили: рабочий человек, больной человек и т. п., то теперь: рабочий, больной.