Начало создания этой площади относится к 30—40-м годам XVIII века. Предназначалась она для торговли и называлась первоначально Торговой. Но общая планировка площади, ее облик в современном виде сложились в основных чертах в годы сооружения Исаакиевского собора.
История наименования собора, от которого получила название площадь, восходит к началу XVIII века. В ознаменование своего дня рождения Петр I (родился он в день поминовения святого Исаакия Далматского) приказал построить церковь. В 1710 году такая церковь была построена близ Адмиралтейства, но она скоро сгорела. В 1717 году на берегу Невы началось сооружение большой каменной Исаакиевской церкви. В середине XVIII века это здание разобрали. В 60-х годах XVIII века в центре вновь создаваемой площади было начато строительство третьего по счету Исаакиевского собора. Это строительство затянулось на долгие годы и было закончено лишь в начале XIX века. Позже и этот собор разобрали, а на его месте по проекту О. Монферрана в 1818— 1858 годах было сооружено существующее ныне здание Исаакиевского собора.
В старое время Исаакиевскую площадь переименовывали в Николаевскую (по памятнику Николаю I, поставленному в центре площади) и в Мариинскую (по Мариинскому дворцу). Но эти названия существовали недолго — они не прижились в обиходе населения.
